Η επιστημονική εκπαίδευση στην Ινδονησία ξεκίνησε στην ολλανδική αποικιακή περίοδο τον 19ο αιώνα.
Το 2021, η Ινδονησία συμπεριλήφθηκε στις πέντε πρώτες χώρες με τον μεγαλύτερο αριθμό επιστημονικών δημοσιεύσεων στη Νοτιοανατολική Ασία.
Το 2020, η Ινδονησία κατέλαβε την 62η θέση στον κόσμο όσον αφορά την ποιότητα της επιστημονικής εκπαίδευσης σύμφωνα με την κατάταξη του πανεπιστημίου QS World.
Ένα από τα δημοφιλή προγράμματα επιστημονικής εκπαίδευσης στην Ινδονησία είναι η Εθνική Επιστήμη Ολυμπιάδα (OSN), η οποία πραγματοποιείται κάθε χρόνο για μαθητές γυμνασίου.
Η Ινδονησία διαθέτει επίσης αρκετά καλά γνωστά πανεπιστήμια που προσφέρουν προγράμματα σπουδών επιστημονικής μελέτης, όπως το Ινστιτούτο Τεχνολογίας Bandung (ITB) και το Πανεπιστήμιο Gadjah Mada (UGM).
Από το 2013, η Ινδονησία έχει υιοθετήσει το πρόγραμμα σπουδών του 2013 το οποίο δίνει έμφαση σε πιο διαδραστική και εφαρμοστική μάθηση.
Η Ινδονησία δραστηριοποιείται επίσης στην έρευνα και την ανάπτυξη της επιστήμης, ειδικά στη γεωργία, την τεχνολογία της πληροφορίας και την ανανεώσιμη ενέργεια.
Η επιστημονική εκπαίδευση στην Ινδονησία περιλαμβάνει επίσης μαθήματα σχετικά με το περιβάλλον και τη διατήρηση της φύσης.
Η Ινδονησία έχει πολλά ενδιαφέροντα μουσεία επιστημών, όπως το Μουσείο Γεωλογίας Bandung και το Μουσείο Ζωολογίας Bogor.
Ορισμένες διάσημες επιστήμες από την Ινδονησία περιλαμβάνουν τον Prof. Διάρυσμα Ο Bambang Purwanto, φυσικός και καγκελάριος του Πανεπιστημίου Gadjah Mada, και ο καθηγητής. Διάρυσμα Sri Sultan Hamengkubuwono X, βιολόγος και κυβερνήτης του DIY.
