Znanstveno izobraževanje v Indoneziji se je začelo v nizozemskem kolonialnem obdobju v 19. stoletju.
Leta 2021 je bila Indonezija vključena v prvih petih držav z najvišjim številom znanstvenih publikacij v jugovzhodni Aziji.
Leta 2020 se je Indonezija po kakovosti znanstvene vzgoje uvrstila na 62. mesto na svetu glede na lestvico svetovne univerze QS.
Eden od popularnih programov znanstvenega izobraževanja v Indoneziji je Nacionalna znanstvena olimpijada (OSN), ki se vsako leto poteka za srednješolce.
Indonezija ima tudi več dobro znanih univerz, ki ponujajo znanstvene študijske programe, kot sta Bandung Institute of Technology (ITB) in univerza Gadjah Mada (UGM).
Indonezija je od leta 2013 sprejela učni načrt iz leta 2013, ki poudarja bolj interaktivno in aplikacijsko učenje.
Indonezija je aktivna tudi na področju raziskav in razvoja znanosti, zlasti v kmetijstvu, informacijski tehnologiji in obnovljivi energiji.
Znanstveno izobraževanje v Indoneziji vključuje tudi lekcije o okolju in ohranjanju narave.
Indonezija ima več zanimivih znanstvenih muzejev, kot sta Muzej Bandung Geology in muzej Bogor Zoololog.
Nekateri znani znanstveni podatki iz Indonezije vključujejo prof. Doktor Bambang Purwanto, fizik in kancler univerze Gadjah Mada, in prof. Doktor Šri Sultan Hamengkubuwono X, biolog in guverner DIY.
