В Индонезия има няколко тайни организации, известни като двореца или двореца, които възникват в традицията на Яванското царство.
Една от известните тайни организации в Индонезия е масонството, което е основано в началото на 20 век в Батавия (сега Джакарта).
Има и тайна организация, наречена Бали Ага, която се състои от местни балийски хора, които все още поддържат своите древни вярвания и традиции.
Друга тайна организация е група произведения, която е основана през 1959 г. от Suharto и функционира като политическа организация, която подкрепя правителството на Новия ред.
Ислямските организации като Muhammadiyah и Nahdlatul Ulama също се считат за тайни организации, тъй като имат ритуали и практики, които са известни само от собствените си членове.
Има няколко тайни организации, свързани с мистични практики, като Pesugihan или Witchcraft Shamans.
Някои тайни организации в Индонезия имат връзка с подобни организации в чужбина, като масонството, свързани с подобни организации по целия свят.
Членовете на тайните организации в Индонезия обикновено се състоят от хора, които имат власт или влияние в обществото или правителството.
Тайните организации в Индонезия често се считат за заплаха от правителството или общността поради тяхната поверителна и мистериозна природа.
Някои тайни организации в Индонезия са разтворени или забранени от правителството, тъй като се счита, че нарушават закона или заплашват националната сигурност.