Hay varias organizaciones secretas en Indonesia conocidas como el palacio o el palacio, que se originó en la tradición del reino javanés.
Una de las famosas organizaciones secretas en Indonesia es la masonería, que se fundó a principios del siglo XX en Batavia (ahora Yakarta).
También hay una organización secreta llamada Bali Aga, que consiste en personas balinesas nativas que aún mantienen sus antiguas creencias y tradiciones.
Otra organización secreta es un grupo de obras, que fue fundada en 1959 por Suharto y funciona como una organización política que apoya al nuevo gobierno de orden.
Las organizaciones islámicas como Muhammadiyah y Nahdlatul Ulama también se consideran organizaciones secretas, porque tienen rituales y prácticas que solo son conocidas por sus propios miembros.
Hay varias organizaciones secretas relacionadas con prácticas místicas, como Pesugihan o chamanes de brujería.
Algunas organizaciones secretas en Indonesia tienen una relación con organizaciones similares en el extranjero, como la masonería relacionada con organizaciones similares en todo el mundo.
Los miembros de organizaciones secretas en Indonesia generalmente consisten en personas que tienen poder o influencia en la sociedad o el gobierno.
Las organizaciones secretas en Indonesia a menudo son consideradas una amenaza por el gobierno o la comunidad debido a su naturaleza confidencial y misteriosa.
Algunas organizaciones secretas en Indonesia han sido disueltas o prohibidas por el gobierno porque se considera que violan la ley o amenazan la seguridad nacional.