Indoneziyada Java shohligi an'anasida paydo bo'lgan saroy yoki saroy deb nomlanuvchi bir nechta maxfiy tashkilotlar mavjud.
Indoneziyadagi taniqli maxfiy tashkilotlardan biri XX asr boshlarida Bataviyada (hozir Jakarta) tashkil etilgan xV asrda tashkil etilgan.
Shuningdek, Bali Aga deb nomlangan yashirin tashkiliy mavjud bo'lib, u hali ham qadimiy e'tiqod va urf-odatlarini saqlaydigan tubsiz odamlardan iborat.
Yana bir maxfiy tashkilot - bu 1959 yilda Suharto tomonidan tashkil etilgan va yangi buyurtma bo'yicha yangi hukumatni qo'llab-quvvatlaydigan siyosiy tashkilot sifatida ishlov berilgan.
Shuningdek, Muhammadiya va Nahdlatul Ulamo kabi islomiy tashkilotlar maxfiy tashkilotlar sifatida ko'rib chiqiladi, chunki ularda o'zlarining a'zolari tomonidan ma'lum bo'lgan marosimlar va amaliyotlar mavjud.
Pessughiki yoki jodugar shammanlar kabi mistik amaliyotlar bilan bog'liq bir nechta maxfiy tashkilotlar mavjud.
Indoneziyadagi ba'zi maxfiy tashkilotlar butun dunyo bo'ylab o'xshash tashkilotlar bilan bog'liq matolar kabi shunga o'xshash tashkilotlar bilan aloqada.
Indoneziyadagi maxfiy tashkilotlar a'zolari odatda jamiyat yoki hukumatga kuch yoki ta'sirga ega bo'lgan odamlardan iborat.
Indoneziyadagi maxfiy tashkilotlar ko'pincha hukumat yoki jamoaning maxfiy va sirli tabiati tufayli tahdid deb hisoblanadi.
Indoneziyadagi ba'zi maxfiy tashkilotlar hukumat tomonidan tarqatilgan yoki taqiqlangan, chunki ular qonunni buzish yoki milliy xavfsizlikka tahdid soladigan deb hisoblanadi.
