V Indoneziji je več tajnih organizacij, znanih kot palača ali palača, ki izvira iz tradicije javanskega kraljestva.
Ena od znanih tajnih organizacij v Indoneziji je prostozidarstvo, ki je bila ustanovljena v začetku 20. stoletja v Bataviji (zdaj Džakarta).
Obstaja tudi tajna organizacija, imenovana Bali Aga, ki jo sestavljajo domači Balinezi, ki še vedno ohranjajo svoja starodavna prepričanja in tradicije.
Druga tajna organizacija je skupina del, ki jih je leta 1959 ustanovil Suharto, in deluje kot politična organizacija, ki podpira vlado novega reda.
Islamske organizacije, kot sta Muhammadiyah in Nahdlatul Ulama, veljajo tudi za tajne organizacije, saj imajo obrede in prakse, ki jih poznajo le njihovi člani.
Obstaja več tajnih organizacij, povezanih z mističnimi praksami, kot so Pesugihan ali čarovniški šamani.
Nekatere tajne organizacije v Indoneziji imajo odnos s podobnimi organizacijami v tujini, kot je prostozidarstvo, povezano s podobnimi organizacijami po vsem svetu.
Člani tajnih organizacij v Indoneziji običajno sestavljajo ljudje, ki imajo moč ali vpliv v družbi ali vladi.
Skrivne organizacije v Indoneziji vlada ali skupnost pogosto štejejo za grožnjo zaradi njihove zaupne in skrivnostne narave.
Nekatere tajne organizacije v Indoneziji je vlada razpustila ali prepovedala, ker velja, da kršijo zakon ali ogrožajo nacionalno varnost.
