Der er flere hemmelige organisationer i Indonesien kendt som paladset eller paladset, der stammer fra traditionen for det javanske rige.
En af de berømte hemmelige organisationer i Indonesien er frimureri, som blev grundlagt i det tidlige 20. århundrede i Batavia (nu Jakarta).
Der er også en hemmelig organisation kaldet Bali Aga, der består af indfødte balinesiske mennesker, der stadig opretholder deres gamle overbevisning og traditioner.
En anden hemmelig organisation er en gruppe af værker, der blev grundlagt i 1959 af Suharto og fungerer som en politisk organisation, der støtter den nye ordensregering.
Islamiske organisationer som Muhammadiyah og Nahdlatul Ulama betragtes også som hemmelige organisationer, fordi de har ritualer og praksis, der kun er kendt af deres egne medlemmer.
Der er flere hemmelige organisationer relateret til mystisk praksis, såsom Pesugihan eller hekseri -shamaner.
Nogle hemmelige organisationer i Indonesien har et forhold til lignende organisationer i udlandet, såsom frimureri relateret til lignende organisationer over hele verden.
Medlemmer af hemmelige organisationer i Indonesien består normalt af mennesker, der har magt eller indflydelse i samfundet eller regeringen.
Hemmelige organisationer i Indonesien betragtes ofte som en trussel fra regeringen eller samfundet på grund af deres fortrolige og mystiske natur.
Nogle hemmelige organisationer i Indonesien er blevet opløst eller forbudt af regeringen, fordi de anses for at overtræde loven eller truer den nationale sikkerhed.
