इंडोनेशिया में कई गुप्त संगठन हैं जिन्हें महल या महल के रूप में जाना जाता है, जो कि जावानीस राज्य की परंपरा में उत्पन्न हुआ था।
इंडोनेशिया में प्रसिद्ध गुप्त संगठनों में से एक फ्रीमेसोनरी है, जिसे बटाविया (अब जकार्ता) में 20 वीं शताब्दी की शुरुआत में स्थापित किया गया था।
बाली आगा नामक एक गुप्त संगठन भी है, जिसमें देशी बाली लोग शामिल हैं जो अभी भी अपनी प्राचीन मान्यताओं और परंपराओं को बनाए रखते हैं।
एक अन्य गुप्त संगठन कार्यों का एक समूह है, जिसे 1959 में सुहार्तो द्वारा स्थापित किया गया था और एक राजनीतिक संगठन के रूप में कार्य करता है जो नई व्यवस्था सरकार का समर्थन करता है।
मुहम्मदियाह और नाहदलतुल उलमा जैसे इस्लामी संगठनों को भी गुप्त संगठन माना जाता है, क्योंकि उनके पास अनुष्ठान और प्रथाएं हैं जो केवल अपने सदस्यों द्वारा ज्ञात हैं।
रहस्यमय प्रथाओं से संबंधित कई गुप्त संगठन हैं, जैसे कि पेसुगिहान या जादू टोना शेमन्स।
इंडोनेशिया में कुछ गुप्त संगठनों का विदेशों में समान संगठनों के साथ एक संबंध है, जैसे कि फ्रीमेसोनरी दुनिया भर में समान संगठनों से संबंधित है।
इंडोनेशिया में गुप्त संगठनों के सदस्य आमतौर पर ऐसे लोग होते हैं जिनके पास समाज या सरकार में शक्ति या प्रभाव होता है।
इंडोनेशिया में गुप्त संगठनों को अक्सर सरकार या समुदाय द्वारा उनके गोपनीय और रहस्यमय स्वभाव के कारण खतरा माना जाता है।
इंडोनेशिया में कुछ गुप्त संगठनों को सरकार द्वारा भंग या निषिद्ध कर दिया गया है क्योंकि उन्हें कानून का उल्लंघन करने या राष्ट्रीय सुरक्षा के लिए धमकी देने के लिए माना जाता है।
