U Indoneziji postoji nekoliko tajnih organizacija poznatih kao palača ili palača, koje su nastale iz tradicije Javanskog kraljevstva.
Jedna od poznatih tajnih organizacija u Indoneziji je slobodno zidarstvo koje je osnovano početkom 20. stoljeća u Bataviji (danas Jakarta).
Postoji i tajna organizacija koja se zove Bali Aga, koja se sastoji od rodnog Balinesea koji još uvijek održavaju svoja drevna uvjerenja i tradicije.
Druga tajna organizacija je skupina radova, koju je 1959. osnovao Suharto i funkcionira kao politička organizacija koja podržava vladu novog reda.
Islamske organizacije kao što su Muhammadiyah i Nahdlatul Ulama također se smatraju tajnim organizacijama, jer imaju rituale i prakse koje poznaju samo od strane njihovih članova.
Postoji nekoliko tajnih organizacija koje se odnose na mistične prakse, kao što su Pesugihan ili Witchcraft šamani.
Neke tajne organizacije u Indoneziji imaju odnos sa sličnim organizacijama u inozemstvu, kao što je slobodno zidarstvo povezano sa sličnim organizacijama širom svijeta.
Članovi tajnih organizacija u Indoneziji obično se sastoje od ljudi koji imaju moć ili utjecaj u društvu ili vladi.
Tajne organizacije u Indoneziji često se smatraju prijetnjom vlade ili zajednice zbog svoje povjerljive i tajanstvene prirode.
Neke tajne organizacije u Indoneziji vlada je raspuštena ili zabranjena jer se smatra da krše zakon ili prijete nacionalnu sigurnost.
