Indonēzijā ir vairākas slepenas organizācijas, kas pazīstamas kā pilī vai pilī, kuras radās Javanas karalistes tradīcijā.
Viena no slavenajām slepenajām organizācijām Indonēzijā ir brīvmūrniecība, kas tika dibināta 20. gadsimta sākumā Batavia (tagad Džakarta).
Ir arī slepena organizācija ar nosaukumu Bali Aga, kas sastāv no vietējiem baliešu cilvēkiem, kuri joprojām uztur savu seno pārliecību un tradīcijas.
Vēl viena slepena organizācija ir darbu grupa, kuru 1959. gadā nodibināja Suharto un darbojas kā politiska organizācija, kas atbalsta jauno kārtības valdību.
Tādas islāma organizācijas kā Muhammadiyah un Nahdlatul Ulama tiek uzskatītas arī par slepenām organizācijām, jo tām ir rituāli un prakse, ko pazīst tikai viņu biedri.
Ar mistiskām praksēm ir saistītas vairākas slepenas organizācijas, piemēram, Pesugihan vai raganu šamaņi.
Dažām slepenām organizācijām Indonēzijā ir attiecības ar līdzīgām organizācijām ārzemēs, piemēram, brīvmūrniecība, kas saistīta ar līdzīgām organizācijām visā pasaulē.
Indonēzijas slepeno organizāciju locekļi parasti sastāv no cilvēkiem, kuriem ir vara vai ietekme sabiedrībā vai valdībā.
Slepenas organizācijas Indonēzijā valdība vai sabiedrība bieži uzskata par draudiem to konfidenciālā un noslēpumainā rakstura dēļ.
Dažas slepenas organizācijas Indonēzijā ir likvidētas vai aizliegtas valdība, jo tiek uzskatīts, ka tās pārkāpj likumu vai apdraud valsts drošību.
