Terdapat beberapa organisasi rahsia di Indonesia yang dikenali sebagai Istana atau Istana, yang berasal dari tradisi Kerajaan Jawa.
Salah satu organisasi rahsia yang terkenal di Indonesia adalah Freemasonry, yang ditubuhkan pada awal abad ke -20 di Batavia (sekarang Jakarta).
Terdapat juga organisasi rahsia yang dipanggil Bali Aga, yang terdiri daripada orang asli Bali yang masih mengekalkan kepercayaan dan tradisi kuno mereka.
Satu lagi organisasi rahsia adalah sekumpulan kerja, yang ditubuhkan pada tahun 1959 oleh Suharto dan berfungsi sebagai organisasi politik yang menyokong kerajaan perintah baru.
Pertubuhan Islam seperti Muhammadiyah dan Nahdlatul Ulama juga dianggap sebagai organisasi rahsia, kerana mereka mempunyai ritual dan amalan yang hanya dikenali oleh anggota mereka sendiri.
Terdapat beberapa organisasi rahsia yang berkaitan dengan amalan mistik, seperti Pesugihan atau Sihir.
Beberapa organisasi rahsia di Indonesia mempunyai hubungan dengan organisasi serupa di luar negara, seperti Freemasonry yang berkaitan dengan organisasi serupa di seluruh dunia.
Ahli -ahli organisasi rahsia di Indonesia biasanya terdiri daripada orang yang mempunyai kuasa atau pengaruh dalam masyarakat atau kerajaan.
Organisasi rahsia di Indonesia sering dianggap sebagai ancaman oleh kerajaan atau masyarakat kerana sifat sulit dan misteri mereka.
Beberapa organisasi rahsia di Indonesia telah dibubarkan atau dilarang oleh kerajaan kerana mereka dianggap melanggar undang -undang atau mengancam keselamatan negara.
