Có một số tổ chức bí mật ở Indonesia được gọi là Cung điện hoặc Cung điện, bắt nguồn từ truyền thống của Vương quốc Java.
Một trong những tổ chức bí mật nổi tiếng ở Indonesia là Freemasonry, được thành lập vào đầu thế kỷ 20 ở Batavia (nay là Jakarta).
Ngoài ra còn có một tổ chức bí mật tên là Bali Aga, bao gồm những người bản địa Balinese, những người vẫn duy trì niềm tin và truyền thống cổ xưa của họ.
Một tổ chức bí mật khác là một nhóm các tác phẩm, được thành lập vào năm 1959 bởi Suharto và các chức năng như một tổ chức chính trị hỗ trợ chính phủ trật tự mới.
Các tổ chức Hồi giáo như Muhammadiyah và Nahdlatul Ulama cũng được coi là các tổ chức bí mật, bởi vì họ có các nghi lễ và thực hành chỉ được các thành viên của họ biết đến.
Có một số tổ chức bí mật liên quan đến các thực hành thần bí, chẳng hạn như Pesugihan hoặc Witchcraft Shamans.
Một số tổ chức bí mật ở Indonesia có mối quan hệ với các tổ chức tương tự ở nước ngoài, chẳng hạn như Freemasonry liên quan đến các tổ chức tương tự trên toàn thế giới.
Thành viên của các tổ chức bí mật ở Indonesia thường bao gồm những người có quyền lực hoặc ảnh hưởng trong xã hội hoặc chính phủ.
Các tổ chức bí mật ở Indonesia thường được chính phủ hoặc cộng đồng coi là mối đe dọa vì bản chất bí mật và bí ẩn của họ.
Một số tổ chức bí mật ở Indonesia đã bị chính phủ giải thể hoặc bị cấm vì họ được coi là vi phạm luật pháp hoặc đe dọa an ninh quốc gia.
