Mae yna sawl sefydliad cyfrinachol yn Indonesia o'r enw'r Palas neu'r Palas, a darddodd yn nhraddodiad teyrnas Jafanaidd.
Un o'r sefydliadau cyfrinachol enwog yn Indonesia yw Seiri Rhyddion, a sefydlwyd ar ddechrau'r 20fed ganrif yn Batavia (Jakarta bellach).
Mae yna hefyd sefydliad cyfrinachol o'r enw Bali Aga, sy'n cynnwys pobl frodorol Balïaidd sy'n dal i gynnal eu credoau a'u traddodiadau hynafol.
Sefydliad cyfrinachol arall yw grŵp o weithiau, a sefydlwyd ym 1959 gan Suharto ac sy'n gweithredu fel sefydliad gwleidyddol sy'n cefnogi'r llywodraeth drefn newydd.
Mae sefydliadau Islamaidd fel Muhammadiyah a Nahdlatul ulama hefyd yn cael eu hystyried yn sefydliadau cyfrinachol, oherwydd mae ganddyn nhw ddefodau ac arferion nad ydyn nhw'n hysbys yn unig gan eu haelodau eu hunain.
Mae yna sawl sefydliad cyfrinachol yn gysylltiedig ag arferion cyfriniol, fel Pesugihan neu Shamans dewiniaeth.
Mae gan rai sefydliadau cyfrinachol yn Indonesia berthynas â sefydliadau tebyg dramor, megis Seiri Rhyddion sy'n gysylltiedig â sefydliadau tebyg ledled y byd.
Mae aelodau sefydliadau cyfrinachol yn Indonesia fel arfer yn cynnwys pobl sydd â phwer neu ddylanwad mewn cymdeithas neu'r llywodraeth.
Mae sefydliadau cyfrinachol yn Indonesia yn aml yn cael eu hystyried yn fygythiad gan y llywodraeth neu'r gymuned oherwydd eu natur gyfrinachol a dirgel.
Mae rhai sefydliadau cyfrinachol yn Indonesia wedi cael eu diddymu neu eu gwahardd gan y llywodraeth oherwydd eu bod yn cael eu hystyried yn torri'r gyfraith neu'n bygwth diogelwch cenedlaethol.
