انڈونیشیا میں محل یا محل کے نام سے جانا جانے والی متعدد خفیہ تنظیمیں ہیں ، جو جاوانی بادشاہی کی روایت سے شروع ہوئی ہیں۔
انڈونیشیا میں مشہور خفیہ تنظیموں میں سے ایک فری میسنری ہے ، جس کی بنیاد 20 ویں صدی کے اوائل میں بتویہ (اب جکارتہ) میں رکھی گئی تھی۔
یہاں ایک خفیہ تنظیم بھی ہے جس کا نام بالی اگا ہے ، جس میں مقامی بالینی لوگوں پر مشتمل ہے جو اب بھی اپنے قدیم عقائد اور روایات کو برقرار رکھتے ہیں۔
ایک اور خفیہ تنظیم کاموں کا ایک گروپ ہے ، جس کی بنیاد 1959 میں سوہارٹو نے رکھی تھی اور ایک سیاسی تنظیم کے طور پر کام کیا گیا تھا جو نئی آرڈر حکومت کی حمایت کرتا ہے۔
اسلامی تنظیموں جیسے محمدیہ اور نہدلاتول علامہ کو بھی خفیہ تنظیموں کے طور پر سمجھا جاتا ہے ، کیونکہ ان کے پاس رسومات اور طرز عمل ہیں جو صرف ان کے اپنے ممبروں کے ذریعہ جانا جاتا ہے۔
صوفیانہ طریقوں سے متعلق متعدد خفیہ تنظیمیں ہیں ، جیسے پیسگیان یا جادوگرنی شمان۔
انڈونیشیا میں کچھ خفیہ تنظیموں کا بیرون ملک اسی طرح کی تنظیموں کے ساتھ رشتہ ہے ، جیسے پوری دنیا میں اسی طرح کی تنظیموں سے متعلق فری میسنری۔
انڈونیشیا میں خفیہ تنظیموں کے ممبران عام طور پر ایسے افراد پر مشتمل ہوتے ہیں جن کے پاس معاشرے یا حکومت میں طاقت یا اثر و رسوخ ہوتا ہے۔
انڈونیشیا میں خفیہ تنظیموں کو ان کی خفیہ اور پراسرار نوعیت کی وجہ سے اکثر حکومت یا برادری کے ذریعہ خطرہ سمجھا جاتا ہے۔
انڈونیشیا میں کچھ خفیہ تنظیموں کو حکومت نے تحلیل یا ممنوع قرار دیا ہے کیونکہ انہیں قانون کی خلاف ورزی کرنے یا قومی سلامتی کو دھمکی دینے کے لئے سمجھا جاتا ہے۔