Indoneesias on mitu salajast organisatsiooni, mida tuntakse palee või palee nime all, mis pärineb Javanese kuningriigi traditsioonist.
Üks kuulsaid Indoneesia salajasi organisatsioone on vabamüürlus, mis asutati 20. sajandi alguses Batavias (nüüd Jakarta).
Seal on ka salajane organisatsioon nimega Bali Aga, mis koosneb põliselanikest Bali elanikest, kes säilitavad endiselt oma iidseid veendumusi ja traditsioone.
Veel üks saladusorganisatsioon on töörühm, mille asutasid 1959. aastal Suharto ja toimib poliitilise organisatsioonina, mis toetab uut ordu valitsust.
Islamiorganisatsioone nagu Muhammadiyah ja Nahdlatul Ulama peetakse ka salajasteks organisatsioonideks, kuna neil on rituaale ja tavasid, mida tuntakse ainult nende endi liikmete poolt.
Müstiliste tavadega on seotud mitu salajast organisatsiooni, näiteks Pesugihani või nõidade šamaanidega.
Mõnel Indoneesia salajasel organisatsioonil on suhe välismaal sarnaste organisatsioonidega, näiteks vabamüürlus, mis on seotud sarnaste organisatsioonidega kogu maailmas.
Indoneesia salajaste organisatsioonide liikmed koosnevad tavaliselt inimestest, kellel on ühiskonnas või valitsuses võimu või mõju.
Indoneesia salajasi organisatsioone peab valitsus või kogukond sageli nende konfidentsiaalse ja salapärase olemuse tõttu ohuks.
Mõned Indoneesias asuvad salajased organisatsioonid on valitsuse poolt likvideerinud või keelanud, kuna neid peetakse seaduse rikkumiseks või riikliku julgeoleku ohustamiseks.
