Ada beberapa organisasi rahasia di Indonesia yang dikenal sebagai "keraton" atau "kraton", yang berasal dari tradisi kerajaan Jawa.
Salah satu organisasi rahasia terkenal di Indonesia adalah Freemasonry, yang didirikan pada awal abad ke-20 di Batavia (sekarang Jakarta).
Ada juga organisasi rahasia yang disebut "Bali Aga", yang terdiri dari masyarakat asli Bali yang masih mempertahankan kepercayaan dan tradisi kuno mereka.
Organisasi rahasia lainnya adalah "Golongan Karya", yang didirikan pada tahun 1959 oleh Soeharto dan berfungsi sebagai organisasi politik yang mendukung pemerintah Orde Baru.
Ormas Islam seperti Muhammadiyah dan Nahdlatul Ulama juga dianggap sebagai organisasi rahasia, karena memiliki ritual dan praktik yang hanya diketahui oleh anggotanya sendiri.
Ada beberapa organisasi rahasia yang terkait dengan praktik-praktik mistis, seperti "pesugihan" atau "dukun santet".
Beberapa organisasi rahasia di Indonesia memiliki hubungan dengan organisasi serupa di luar negeri, seperti Freemasonry yang terkait dengan organisasi serupa di seluruh dunia.
Anggota organisasi rahasia di Indonesia biasanya terdiri dari orang-orang yang memiliki kekuasaan atau pengaruh di masyarakat atau pemerintahan.
Organisasi rahasia di Indonesia seringkali dianggap sebagai ancaman oleh pemerintah atau masyarakat karena sifatnya yang rahasia dan misterius.
Beberapa organisasi rahasia di Indonesia telah dibubarkan atau dilarang oleh pemerintah karena dianggap melanggar hukum atau mengancam keamanan nasional.
