لدى إندونيسيا العديد من المواقع الأحفورية المهمة ، مثل موقع Sangiran وموقع Trinil في East Java ، وهو موقع أحفوري بشري قديم.
كانت نتائج أحفرية الديناصورات الأولى في إندونيسيا في العشرينات من القرن العشرين في منطقة سيكاكاك ، غرب جافا.
واحدة من أحواف الديناصورات الأكثر شهرة من إندونيسيا هي Bawangosaurus ، والتي تم العثور عليها في جزر سولا ، مالوكو.
في عام 2016 ، وجد فريق بحث بصمة ديناصور يبلغ عمره حوالي 145 مليون عام على جافا.
تشمل أحافير الأسماك القديمة الموجودة في إندونيسيا الأسماك المجردة وأسماك القرش القديمة.
أصبحت بعض المواقع الأحفورية في إندونيسيا مواقع التراث العالمي لليونسكو ، بما في ذلك موقع Sangiran وموقع Gunung Padang في West Java.
تم العثور على أقدم أحافير الخيول في العالم في إندونيسيا ويقدر أن تبلغ من العمر حوالي 1.5 مليون عام.
هناك عدة أنواع من الثدييات ما قبل التاريخ الموجودة في إندونيسيا ، بما في ذلك الخنازير ما قبل التاريخ والأفيال القديمة.
تظهر الأبحاث الحديثة أن البشر القدامى في إندونيسيا ربما هاجروا إلى أستراليا في وقت أبكر مما كان يعتقد سابقًا.
هناك العديد من الجامعات والمعاهد في إندونيسيا التي لديها برامج ومرافق بحثية في مجال علم الحفريات ، بما في ذلك جامعة جادجا مادا في يوجياكرتا ومعهد باندونغ للتكنولوجيا.
