באינדונזיה יש אתרים מאובנים חשובים רבים, כמו אתר סנגיראן ואתר טריניל במזרח ג'אווה, שהוא אתר מאובנים אנושי עתיק.
ממצאי מאובני הדינוזאור הראשון באינדונזיה היו בשנות העשרים באזור סיקאקאק, מערב ג'אווה.
אחד מאובני הדינוזאור המפורסמים ביותר מאינדונזיה הוא Bawangosaurus, שנמצא באיי סולה, מלוקו.
בשנת 2016, צוות מחקר מצא טביעת רגל של דינוזאור שהייתה בסביבות 145 מיליון שנה בג'אווה.
מאובני דגים עתיקים שנמצאים באינדונזיה כוללים דגים בונטליים וכרישים עתיקים.
כמה אתרי מאובנים באינדונזיה הפכו לאתרי מורשת עולמית של אונסק"ו, כולל אתר סנגיראן ואתר גונונג פאדנג במערב ג'אווה.
מאובני הסוסים העתיקים ביותר בעולם נמצאים באינדונזיה ומוערכים כגיל 1.5 מיליון שנה.
ישנם כמה מינים של יונקים פרהיסטוריים שנמצאים באינדונזיה, כולל חזירים פרהיסטוריים ופילים עתיקים.
מחקרים עדכניים מראים כי בני אדם קדומים באינדונזיה אולי היגרו לאוסטרליה מוקדם יותר ממה שחשבו בעבר.
ישנן אוניברסיטאות ומכונים רבים באינדונזיה שיש להם תוכניות מחקר ומתקנים בתחום הפליאונטולוגיה, כולל אוניברסיטת גאדג'ה מאדה ביוגיאקרטה ובמכון הטכנולוגי של בנדונג.
