Indonesia mempunyai banyak laman fosil penting, seperti tapak Sangiran dan tapak Trinil di Jawa Timur, yang merupakan tapak fosil manusia kuno.
Penemuan fosil dinosaur pertama di Indonesia adalah pada tahun 1920 -an di rantau Cikakak, Jawa Barat.
Salah satu fosil dinosaur yang paling terkenal dari Indonesia adalah Bawangosaurus, yang ditemui di Kepulauan Sula, Maluku.
Pada tahun 2016, pasukan penyelidikan mendapati jejak dinosaur yang berusia sekitar 145 juta tahun di Java.
Fosil ikan purba yang terdapat di Indonesia termasuk ikan buntal dan jerung kuno.
Beberapa tapak fosil di Indonesia telah menjadi tapak Warisan Dunia UNESCO, termasuk tapak Sangiran dan tapak Gunung Padang di Jawa Barat.
Fosil kuda tertua di dunia ditemui di Indonesia dan dianggarkan berusia sekitar 1.5 juta tahun.
Terdapat beberapa spesies mamalia prasejarah yang terdapat di Indonesia, termasuk babi prasejarah dan gajah purba.
Penyelidikan baru -baru ini menunjukkan bahawa manusia kuno di Indonesia mungkin telah berhijrah ke Australia lebih awal daripada yang difikirkan sebelumnya.
Terdapat banyak universiti dan institut di Indonesia yang mempunyai program penyelidikan dan kemudahan dalam bidang paleontologi, termasuk Gadjah Mada University di Yogyakarta dan Institut Teknologi Bandung.
