Indonesien har mange vigtige fossile steder, såsom Sangiran -stedet og Trinil -stedet i East Java, som er et gammelt menneskeligt fossil sted.
Resultaterne af den første dinosaurfossil i Indonesien var i 1920'erne i Cikakak -regionen, West Java.
En af de mest berømte dinosaurfossiler fra Indonesien er Bawangosaurus, som blev fundet på Sula -øerne, Maluku.
I 2016 fandt et forskerteam et dinosaur -fodaftryk, der var omkring 145 millioner år gammel på Java.
Gamle fiskefossiler, der findes i Indonesien, inkluderer buntal fisk og gamle hajer.
Nogle fossile steder i Indonesien er blevet UNESCOs verdensarvsteder, herunder Sangiran -stedet og Gunung Padang -stedet i West Java.
De ældste hestefossiler i verden findes i Indonesien og anslås at være omkring 1,5 millioner år gammel.
Der er flere arter af forhistoriske pattedyr, der findes i Indonesien, herunder forhistoriske svin og gamle elefanter.
Nylig forskning viser, at gamle mennesker i Indonesien kan have migreret til Australien tidligere end tidligere antaget.
Der er mange universiteter og institutter i Indonesien, der har forskningsprogrammer og faciliteter inden for paleontologi, herunder Gadjah Mada University i Yogyakarta og Bandung Institute of Technology.
