Indonezija ima mnogo važnih fosilnih mjesta, poput mjesta Sangiran i mjesta Trinil u Istočnoj Javi, što je drevno mjesto ljudskog fosila.
Rezultati prvog fosila dinosaura u Indoneziji bili su 1920 -ih u regiji Cikakak, zapadna Java.
Jedan od najpoznatijih fosila dinosaura iz Indonezije je Bawangosaurus, koji je pronađen na otocima Sula, Maluku.
U 2016. godini, istraživački tim pronašao je otisak dinosaura koji je na Javi imao oko 145 milijuna godina.
Drevni riblji fosili koji se nalaze u Indoneziji uključuju buntal ribe i drevne morske pse.
Neke fosilne stranice u Indoneziji postala su UNESCO -ova mjesta svjetske baštine, uključujući mjesto Sangiran i mjesto Gunung Padang na zapadnoj Javi.
Najstariji konjski fosili na svijetu nalaze se u Indoneziji i procjenjuje se da imaju oko 1,5 milijuna godina.
U Indoneziji se nalazi nekoliko vrsta prapovijesnih sisavaca, uključujući prapovijesne svinje i drevne slonove.
Nedavna istraživanja pokazuju da su drevni ljudi u Indoneziji možda preselili u Australiju ranije nego što se prije mislilo.
U Indoneziji postoje mnoga sveučilišta i instituti koji imaju istraživačke programe i sadržaje u području paleontologije, uključujući Sveučilište Gadjah Mada u Yogyakarti i Bandung Institute of Technology.
