İndoneziyanın qədim insan fosil saytı olan Şərqi Javadakı Sangiran Saytı və Trinil Saytı kimi bir çox vacib fosil saytları var.
İndoneziyadakı ilk dinozavr fosilinin tapıntıları 1920-ci illərdə Cikakak rayonunda, Qərbi Java şəhərində idi.
İndoneziyadan olan ən məşhur dinozavr fosillərindən biri, Sula adaları, Maluku-da tapılan Bawangosaurusdur.
2016-cı ildə bir araşdırma qrupu Java-da 145 milyon yaşında olan bir dinozavr izi tapdı.
İndoneziyada tapılan qədim balıq fosillərinə Buntal balıq və qədim köpək balığı daxildir.
İndoneziyadakı bəzi fosil saytlar, Sangiran Saytı və Gunung Padang Sayt da daxil olmaqla, UNESCO-nun dünya irsi saytlarına çevrildi.
Dünyadakı ən qədim at fosilləri İndoneziyada rast gəlinir və təxminən 1,5 milyon yaşında olduğu təxmin edilir.
İndoneziyada, tarixdən əvvəlki donuzlar və qədim fillər də daxil olmaqla bir neçə tarixdən əvvəlki məməlilər növü var.
Son tədqiqatlar göstərir ki, İndoneziya olan qədim insanlar əvvəllər düşündüyündən daha erkən Avstraliyaya köç edə bilərlər.
İndoneziyada, Yogyakarta və Bandung Texnologiya İnstitutunda Gadjah Mada Universiteti də daxil olmaqla, Paleontologiya sahəsində tədqiqat proqramları və obyektləri olan bir çox universitet və institut var.
