Indonezija ima veliko pomembnih fosilnih mest, kot sta mesto Sangiran in mesto Trinil v vzhodni Javi, ki je starodavno človeško fosilno mesto.
Ugotovitve prvega fosila dinozavrov v Indoneziji so bile v dvajsetih letih prejšnjega stoletja v regiji Cikakak v Zahodni Javi.
Eden najbolj znanih fosilov dinozavrov iz Indonezije je Bawangosaurus, ki so ga našli na otokih Sula v Malukuju.
Leta 2016 je raziskovalna skupina našla odtis dinozavra, ki je bil na Javi star približno 145 milijonov let.
Fosili starodavnih rib, ki jih najdemo v Indoneziji, vključujejo buntalne ribe in starodavne morske pse.
Nekatera fosilna mesta v Indoneziji so postala Unescova svetovna dediščina, vključno s mestom Sangiran in mesto Gunung Padang v zahodni Javi.
Najstarejši fosili konj na svetu najdemo v Indoneziji in naj bi bili stari približno 1,5 milijona let.
V Indoneziji najdemo več vrst prazgodovinskih sesalcev, vključno s prazgodovinskimi prašiči in starodavnimi sloni.
Nedavne raziskave kažejo, da so se starodavni ljudje v Indoneziji morda preselili v Avstralijo prej, kot so mislili prej.
V Indoneziji je veliko univerz in inštitutov, ki imajo raziskovalne programe in zmogljivosti na področju paleontologije, vključno z univerzo Gadjah Mada v Yogyakarta in Bandung Institute of Technology.
