Індонезія має багато важливих викопних майданчиків, таких як ділянка Сангірану та Триніл на Східній Яві, що є давнім людським викопним місцем.
Результати першого копалини динозавра в Індонезії були в 1920 -х роках у регіоні Сікакак, Західна Ява.
Один з найвідоміших копалин динозавра з Індонезії - Бавангозавр, який був знайдений на островах Сула, Малуку.
У 2016 році дослідницька група знайшла сліди динозавра, якому було близько 145 мільйонів років на Java.
Стародавні рибні копалини, що знаходяться в Індонезії, включають рибу та стародавні акули.
Деякі викопні сайти в Індонезії стали об'єктами Всесвітньої спадщини ЮНЕСКО, включаючи сайт Сангіран та майданчик Гунунг Паданг у Західній Яві.
Найдавніші скам’янілі коня у світі зустрічаються в Індонезії і, за оцінками, мають близько 1,5 мільйона років.
Існує кілька видів доісторичних ссавців, що зустрічаються в Індонезії, включаючи доісторичних свиней та стародавніх слонів.
Останні дослідження показують, що стародавні люди в Індонезії, можливо, мігрували до Австралії раніше, ніж вважали раніше.
Існує багато університетів та інститутів в Індонезії, які мають дослідницькі програми та засоби в галузі палеонтології, включаючи університет Гаджі Мада в Джокьякарті та технологічний інститут Бандунг.
