Indonēzijā ir daudz svarīgu fosiliju vietu, piemēram, Sangiran vietne un Trinil vietne Austrumjava, kas ir sena cilvēka fosilija.
Pirmās dinozauru fosilijas atklājumi Indonēzijā bija 1920. gados Kikakakas reģionā, Rietumjava.
Viena no slavenākajām dinozauru fosilijām no Indonēzijas ir Bawangosaurus, kas tika atrasta Sula salās, Maluku.
2016. gadā pētījumu grupa atrada dinozauru pēdas nospiedumu, kas Java bija aptuveni 145 miljonus gadu vecs.
Senās zivju fosilijas, kas atrodamas Indonēzijā, ietver buntal zivis un senās haizivis.
Dažas fosilās vietas Indonēzijā ir kļuvušas par UNESCO pasaules mantojuma vietām, ieskaitot Sangiran vietni un Gunung Padang vietni Rietum Java.
Vecākās zirgu fosilijas pasaulē ir atrodamas Indonēzijā un tiek lēsts, ka tās ir aptuveni 1,5 miljoni gadu vecas.
Indonēzijā ir vairākas aizvēsturisko zīdītāju sugas, ieskaitot aizvēsturiskās cūkas un senos ziloņus.
Jaunākie pētījumi rāda, ka senie cilvēki Indonēzijā, iespējams, ir migrējuši uz Austrāliju agrāk, nekā iepriekš domāja.
Indonēzijā ir daudz universitāšu un institūtu, kurās paleontoloģijas jomā ir pētniecības programmas un iespējas, tostarp Gadjah Mada universitāte Jogjakarta un Bandungas Tehnoloģiju institūts.
