Индонезия има много важни изкопаеми обекти, като сайта Сангиран и сайта на Тринил в Източна Ява, който е древен човешки изкопаем сайт.
Резултатите от първия вкаменелост на динозаврите в Индонезия са били през 20 -те години на миналия век в района на Цикакак, Западна Ява.
Една от най -известните вкаменелости на динозаври от Индонезия е Bawangosaurus, който е открит на островите Сула, Малуку.
През 2016 г. изследователски екип откри отпечатък на динозавър, който беше на около 145 милиона години на Java.
Древните рибни вкаменелости, открити в Индонезия, включват бунтални риби и древни акули.
Някои изкопаеми обекти в Индонезия са се превърнали в обекти на ЮНЕСКО за световно наследство, включително сайта Сангиран и сайта Gunung Padang в Западна Ява.
Най -старите конни вкаменелости в света се намират в Индонезия и се оценяват на около 1,5 милиона години.
Има няколко вида праисторически бозайници, открити в Индонезия, включително праисторически прасета и древни слонове.
Последните изследвания показват, че древните хора в Индонезия може да са мигрирали в Австралия по -рано, отколкото се смяташе досега.
В Индонезия има много университети и институти, които имат изследователски програми и съоръжения в областта на палеонтологията, включително Университета Гаджа Мада в Йогикарта и Техническия институт Бандунг.