L'Indonesia ha molti importanti siti fossili, come il sito di Sangiran e il sito di Trinil a East Java, che è un antico sito fossile umano.
I risultati del primo fossile di dinosauro in Indonesia erano negli anni '20 nella regione di Cikakak, West Java.
Uno dei più famosi fossili di dinosauri dall'Indonesia è Bawangosaurus, che è stato trovato nelle Isole Sula, Maluku.
Nel 2016, un team di ricerca ha trovato un'impronta di dinosauro che aveva circa 145 milioni di anni su Java.
Gli antichi fossili di pesci trovati in Indonesia includono pesci bossisti e squali antichi.
Alcuni siti fossili in Indonesia sono diventati siti del patrimonio mondiale dell'UNESCO, tra cui il sito di Sangiran e il sito di Gunung Padang a West Java.
I fossili di cavallo più antichi del mondo si trovano in Indonesia e si stima che abbiano circa 1,5 milioni di anni.
Esistono diverse specie di mammiferi preistorici presenti in Indonesia, tra cui maiali preistorici e antichi elefanti.
Ricerche recenti mostrano che gli antichi umani in Indonesia potrebbero essere emigrati in Australia prima di quanto si pensasse in precedenza.
Esistono molte università e istituti in Indonesia che hanno programmi di ricerca e strutture nel campo della paleontologia, tra cui la Gadjah Mada University a Yogyakarta e il Bandung Institute of Technology.
