Indonesië heeft veel belangrijke fossiele sites, zoals de Sangiran -site en Trinil -site in Oost -Java, een oude menselijke fossiele site.
De bevindingen van het eerste dinosaurusfossiel in Indonesië waren in de jaren 1920 in de regio Cikakak, West -Java.
Een van de beroemdste dinosaurusfossielen uit Indonesië is Bawangosaurus, die werd gevonden op de Sula Islands, Maluku.
In 2016 vond een onderzoeksteam een dinosaurusvoetafdruk die ongeveer 145 miljoen jaar oud was op Java.
Oude fossielen die in Indonesië zijn gevonden, zijn onder meer stootische vissen en oude haaien.
Sommige fossiele sites in Indonesië zijn UNESCO -werelderfgoedlocaties geworden, waaronder de Sangiran -site en Gunung Padang -site in West Java.
De oudste paardenfossielen ter wereld zijn te vinden in Indonesië en worden geschat op ongeveer 1,5 miljoen jaar oud.
Er zijn verschillende soorten prehistorische zoogdieren gevonden in Indonesië, waaronder prehistorische varkens en oude olifanten.
Recent onderzoek toont aan dat oude mensen in Indonesië misschien eerder naar Australië zijn gemigreerd dan eerder werd gedacht.
Er zijn veel universiteiten en instituten in Indonesië die onderzoeksprogramma's en faciliteiten hebben op het gebied van paleontologie, waaronder Gadjah Mada University in Yogyakarta en Bandung Institute of Technology.
