Endonezya, eski bir insan fosil bölgesi olan East Java'daki Sangiran bölgesi ve Trinil bölgesi gibi birçok önemli fosil bölgesine sahiptir.
Endonezya'daki ilk dinozor fosilinin bulguları 1920'lerde Batı Java'nın Cikakak bölgesinde idi.
Endonezya'dan en ünlü dinozor fosillerinden biri Maluku Sula Adaları'nda bulunan Bawangosaurus'dur.
2016 yılında bir araştırma ekibi, Java'da 145 milyon yaşında bir dinozor ayak izi buldu.
Endonezya'da bulunan antik balık fosilleri arasında bunal balık ve antik köpekbalıkları bulunmaktadır.
Endonezya'daki bazı fosil alanları, Batı Java'daki Sangiran bölgesi ve Gunung Padang sitesi de dahil olmak üzere UNESCO Dünya Mirası alanları haline geldi.
Dünyadaki en eski at fosilleri Endonezya'da bulunur ve yaklaşık 1,5 milyon yaşında olduğu tahmin edilmektedir.
Endonezya'da tarih öncesi domuzlar ve eski filler de dahil olmak üzere birkaç tarih öncesi memeli türü vardır.
Son araştırmalar, Endonezya'daki eski insanların Avustralya'ya daha önce düşünüldüğünden daha erken göç etmiş olabileceğini göstermektedir.
Endonezya'da Yogyakarta'daki Gadjah Mada Üniversitesi ve Bandung Teknoloji Enstitüsü de dahil olmak üzere paleontoloji alanında araştırma programları ve tesisleri olan birçok üniversite ve enstitü vardır.
