Indonésie má mnoho důležitých fosilních webů, jako je místo Sangiran a Trinil na východním Javě, což je starověké místo pro lidské fosilní.
Zjištění první fosilie dinosaura v Indonésii byla ve dvacátých letech v regionu Cikakak v západní Javě.
Jednou z nejslavnějších fosilií dinosaurů z Indonésie je Bawangosaurus, který byl nalezen na Sula Islands v Maluku.
V roce 2016 výzkumný tým našel stopu dinosaura, který byl na Javě kolem 145 milionů let.
Starověké rybí fosílie nalezené v Indonésii zahrnují buntal ryby a starověké žraloky.
Některá fosilní místa v Indonésii se stala stránkami světového dědictví UNESCO, včetně webu Sangiran a stránky Gunung Padang v západní Javě.
Nejstarší koňské fosílie na světě se nacházejí v Indonésii a odhaduje se, že je asi 1,5 milionu let.
V Indonésii se nachází několik druhů prehistorických savců, včetně prehistorických prasat a starověkých slonů.
Nedávný výzkum ukazuje, že starověcí lidé v Indonésii se možná stěhovali do Austrálie dříve, než se dříve myslelo.
V Indonésii existuje mnoho univerzit a ústavů, které mají výzkumné programy a zařízení v oblasti paleontologie, včetně univerzity Gadjah Mada v Yogyakartě a Bandung Institute of Technology.
