Indonezijoje yra daugybė svarbių iškastinių vietų, tokių kaip „Sangiran“ ir „Trinil“ vieta Rytų Java, kuri yra senovės žmogaus iškastinė vieta.
Pirmosios dinozaurų fosilijos Indonezijoje išvados buvo 1920 m. Cikakako regione, Vakarų Java.
Viena garsiausių dinozaurų fosilijų iš Indonezijos yra Bawangosaurus, kuris buvo rastas Sulos salose, Maluku.
2016 m. Tyrimo komanda rado dinozaurų pėdsaką, kuris „Java“ buvo maždaug 145 milijonų metų.
Senovės žuvų fosilijos, rastos Indonezijoje, yra buntalinės žuvys ir senovės rykliai.
Kai kurios iškastinių vietų Indonezijoje tapo UNESCO pasaulio paveldo vietomis, įskaitant „Sangiran“ svetainę ir Gunung Padang vietą Vakarų Java.
Seniausios žirgų fosilijos pasaulyje yra Indonezijoje ir manoma, kad jų yra maždaug 1,5 milijono metų.
Indonezijoje yra keletas priešistorinių žinduolių rūšių, įskaitant priešistorines kiaules ir senovės dramblius.
Naujausi tyrimai rodo, kad senovės žmonės Indonezijoje galėjo perkelti į Australiją anksčiau, nei manyta anksčiau.
Indonezijoje yra daugybė universitetų ir institutų, turinčių tyrimų programas ir įrenginius paleontologijos srityje, įskaitant Gadjah Mada universitetą Yogyakartoje ir Bandungo technologijos institute.
