Mae gan Indonesia lawer o safleoedd ffosil pwysig, fel safle Sangiran a safle Trinil yn Nwyrain Java, sy'n safle ffosil dynol hynafol.
Roedd canfyddiadau'r ffosil deinosor cyntaf yn Indonesia yn y 1920au yn rhanbarth Cikakak, Gorllewin Java.
Un o'r ffosiliau deinosor enwocaf o Indonesia yw Bawangosaurus, a ddarganfuwyd yn Ynysoedd Sula, Maluku.
Yn 2016, daeth tîm ymchwil o hyd i ôl troed deinosor a oedd tua 145 miliwn o flynyddoedd oed ar Java.
Mae ffosiliau pysgod hynafol a geir yn Indonesia yn cynnwys pysgod buntal a siarcod hynafol.
Mae rhai safleoedd ffosil yn Indonesia wedi dod yn Safleoedd Treftadaeth y Byd UNESCO, gan gynnwys safle Sangiran a safle Gunung Padang yng Ngorllewin Java.
Mae'r ffosiliau ceffylau hynaf yn y byd i'w cael yn Indonesia ac amcangyfrifir eu bod oddeutu 1.5 miliwn o flynyddoedd oed.
Mae sawl rhywogaeth o famaliaid cynhanesyddol i'w cael yn Indonesia, gan gynnwys moch cynhanesyddol ac eliffantod hynafol.
Mae ymchwil ddiweddar yn dangos y gallai bodau dynol hynafol yn Indonesia fod wedi mudo i Awstralia yn gynharach nag a feddyliwyd yn flaenorol.
Mae yna lawer o brifysgolion a sefydliadau yn Indonesia sydd â rhaglenni a chyfleusterau ymchwil ym maes paleontoleg, gan gynnwys Prifysgol Gadjah Mada yn Yogyakarta a Sefydliad Technoleg Bandung.
