Indoneesias on palju olulisi fossiilseid saite, näiteks Sangirani sait ja Trinil sait Ida -Jaavas, mis on iidne inimese fossiilne koht.
Esimese dinosauruste fossiili leiud Indoneesias olid 1920. aastatel Cikakaki piirkonnas Lääne -Jaavas.
Üks kuulsamaid Indoneesia dinosauruste fossiile on Bawangosaurus, mida leiti Maluku Sula saartel.
2016. aastal leidis uurimisrühm dinosauruse jalajälge, mis oli Java -l umbes 145 miljonit aastat vana.
Indoneesias leiduvad iidsed kalafossiilide hulka kuuluvad buntaalkalad ja iidsed haid.
Mõnedest fossiilsete saitidest on saanud UNESCO maailmapärandi nimistus, sealhulgas Sangirani sait ja Lääne -Jaavas asuv Gunung Padangi sait.
Maailma vanimad hobuste fossiilid leidub Indoneesias ja need on hinnanguliselt umbes 1,5 miljonit aastat vanad.
Indoneesias on leitud mitu eelajalooliste imetajate liiki, sealhulgas eelajaloolised sead ja iidsed elevandid.
Hiljutised uuringud näitavad, et Indoneesia iidsed inimesed võisid Austraaliasse varem rännata, kui varem arvas.
Indoneesias on palju ülikoole ja instituute, kellel on paleontoloogia valdkonnas uurimisprogrammid ja rajatised, sealhulgas Gadjah Mada ülikool Yogyakartas ja Bandungi tehnoloogiainstituut.
