Indonesia memiliki banyak situs fosil yang penting, seperti Situs Sangiran dan Situs Trinil di Jawa Timur, yang merupakan situs fosil manusia purba.
Temuan fosil dinosaurus pertama di Indonesia adalah pada tahun 1920-an di daerah Cikakak, Jawa Barat.
Salah satu fosil dinosaurus yang paling terkenal dari Indonesia adalah Bawangosaurus, yang ditemukan di Kepulauan Sula, Maluku.
Pada tahun 2016, sebuah tim peneliti menemukan jejak kaki dinosaurus yang berusia sekitar 145 juta tahun di Pulau Jawa.
Fosil ikan purba yang ditemukan di Indonesia termasuk ikan buntal dan hiu purba.
Beberapa situs fosil di Indonesia telah menjadi Situs Warisan Dunia UNESCO, termasuk Situs Sangiran dan Situs Gunung Padang di Jawa Barat.
Fosil kuda tertua di dunia ditemukan di Indonesia dan diperkirakan berusia sekitar 1,5 juta tahun.
Ada beberapa spesies mamalia prasejarah yang ditemukan di Indonesia, termasuk babi prasejarah dan gajah purba.
Penelitian terbaru menunjukkan bahwa manusia purba di Indonesia mungkin telah bermigrasi ke Australia lebih awal daripada yang diperkirakan sebelumnya.
Ada banyak universitas dan institut di Indonesia yang memiliki program dan fasilitas penelitian dalam bidang paleontologi, termasuk Universitas Gadjah Mada di Yogyakarta dan Institut Teknologi Bandung.
