Ο πρώτος γενετικός εμπειρογνώμονας της Ινδονησίας είναι ο Prof. Διάρυσμα Koentjaraningrat, γνωστός ως πατέρας της ινδονησιακής κοινωνιολογίας.
Η γενετική έρευνα στην Ινδονησία ξεκίνησε το 1928 από τον Δρ. Κ. Koningsberger, Ολλανδός βοτανολόγος.
Η γενετική έρευνα στην Ινδονησία αναπτύχθηκε ταχέως στη δεκαετία του 1950 και του 1960 με την ανακάλυψη του πρώτου ανθρώπινου χρωμοσώματος στην Ινδονησία από τον καθηγητή. Διάρυσμα S. Sudjadi.
Η ανάπτυξη της τεχνολογίας δακτυλικών αποτυπωμάτων DNA στην Ινδονησία προηγήθηκε από τον καθηγητή. Διάρυσμα Widodo Judarwanto στη δεκαετία του 1990.
Το 2007, η Ινδονησία κατάφερε να συλλέξει το DNA από ολόκληρο τον πληθυσμό της Ινδονησίας μέσω του έργου γονιδιώματος Nusantara.
Οι γενετικές μελέτες στα ινδονησιακά ζώα δείχνουν ότι η παρουσία ενδημικών ειδών βρίσκεται μόνο στην Ινδονησία, όπως οι τίγρεις της Ιάβας και οι ουραγγουτάνες της Σουμάτρας.
Ορισμένες γενετικές μελέτες στην Ινδονησία σχετίζονται επίσης με την υγεία, όπως η μελέτη γενετικών παραγόντων που επηρεάζουν τον κίνδυνο ανάπτυξης διαβήτη και καρκίνου του μαστού.
Η Ινδονησία έχει πλούσιους γενετικούς πόρους, όπως τα παραδοσιακά φαρμακευτικά φυτά, τα οποία μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ανάπτυξη νέων φαρμάκων.
Ορισμένες γενετικές μελέτες στην Ινδονησία παρουσιάζουν επίσης γενετικές διαφορές μεταξύ διαφορετικών εθνοτικών ομάδων στην Ινδονησία.
Επί του παρόντος, η Ινδονησία έχει έναν αριθμό κορυφαίων γενετικών εμπειρογνωμόνων στον κόσμο, όπως ο καθηγητής. Διάρυσμα Herawati Sudoyo, ο οποίος συνέβαλε πολύ στη γενετική έρευνα στην Ινδονησία.
