Indoneesia esimene geneetiline ekspert on prof. Dr. Koentjaraningrat, tuntud kui Indoneesia sotsioloogia isa.
Geneetilised uuringud Indoneesias algas 1928. aastal Dr. J.C. Koningsberger, Hollandi botaanik.
Geneetilised uuringud Indoneesias arenes kiiresti 1950ndatel ja 1960ndatel, avastades Indoneesias esimese inimese kromosoomi prof. Dr. S. Sudjadi.
DNA sõrmejälgede võtmise tehnoloogia arendamisele Indoneesias eelnes prof. Dr. Widodo Judarwanto 1990ndatel.
Aastal 2007 õnnestus Indoneesial Nusantara genoomi projekti kaudu kogu Indoneesia elanikkonnalt DNA koguda.
Indoneesia loomade geneetilised uuringud näitavad, et endeemiliste liikide esinemist leidub ainult Indoneesias, näiteks Javanese tiigrid ja Sumatrani orangutanlased.
Mõned geneetilised uuringud Indoneesias on seotud ka tervisega, näiteks geneetiliste tegurite uurimisega, mis mõjutavad diabeedi ja rinnavähi tekkimise riski.
Indoneesias on rikkalikud geneetilised ressursid, näiteks traditsioonilised ravimtaimed, mida saab kasutada uute ravimite väljatöötamiseks.
Mõned geneetilised uuringud Indoneesias näitavad ka geneetilisi erinevusi Indoneesia erinevate etniliste rühmade vahel.
Praegu on Indoneesias maailmas mitmeid juhtivaid geneetilisi eksperte, näiteks prof. Dr. Herawati Sudoyo, kes on palju panustanud Indoneesias geneetilistele uuringutele.
