Prvi genetski stručnjak Indonezije je prof. Dr. Koentjaraningrat, poznat kao otac indonezijske sociologije.
Genetska istraživanja u Indoneziji započela je 1928. godine dr. J.C. Koningsberger, nizozemski botaničar.
Genetska istraživanja u Indoneziji brzo su se razvila 1950 -ih i 1960 -ih otkrivanjem prvog ljudskog kromosoma u Indoneziji od strane prof. Dr. S. Sudjadi.
Razvoj tehnologije otisaka DNA u Indoneziji prethodio je prof. Dr. WIDODO JUDARWANTO 1990 -ih.
U 2007. godini Indonezija je uspjela prikupiti DNK od čitave indonezijske populacije kroz projekt genoma Nusantara.
Genetske studije na indonezijskim životinjama pokazuju da se prisutnost endemskih vrsta nalazi samo u Indoneziji, poput javanskih tigrova i sumatran orangutana.
Neke genetske studije u Indoneziji također su povezane sa zdravljem, poput proučavanja genetskih čimbenika koji utječu na rizik od razvoja dijabetesa i karcinoma dojke.
Indonezija ima bogate genetske resurse, poput tradicionalnih ljekovitih biljaka, koje se mogu koristiti za razvoj novih lijekova.
Neke genetske studije u Indoneziji također pokazuju genetske razlike između različitih etničkih skupina u Indoneziji.
Trenutno Indonezija ima brojne vodeće genetske stručnjake u svijetu, poput prof. Dr. Herawati Sudoyo, koji je puno pridonio genetskim istraživanjima u Indoneziji.
