O primeiro especialista genético da Indonésia é o Prof. Dr. Koentjaraningrat, conhecido como pai da sociologia indonésia.
A pesquisa genética na Indonésia começou em 1928 pelo Dr. J.C. Koningsberger, um botânico holandês.
Pesquisa genética na Indonésia desenvolvida rapidamente nas décadas de 1950 e 1960 com a descoberta do primeiro cromossomo humano na Indonésia pelo Prof. Dr. S. Sudjadi.
O desenvolvimento da tecnologia de impressão digital de DNA na Indonésia foi precedida pelo Prof. Dr. Widodo Judarwanto nos anos 90.
Em 2007, a Indonésia conseguiu coletar o DNA de toda a população indonésia através do projeto do genoma de nusantara.
Estudos genéticos em animais indonésios mostram que a presença de espécies endêmicas é encontrada apenas na Indonésia, como tigres javaneses e orangotangos sumatranos.
Alguns estudos genéticos na Indonésia também estão relacionados à saúde, como o estudo de fatores genéticos que afetam o risco de desenvolver diabetes e câncer de mama.
A Indonésia possui ricos recursos genéticos, como plantas medicinais tradicionais, que podem ser usadas para o desenvolvimento de novos medicamentos.
Alguns estudos genéticos na Indonésia também mostram diferenças genéticas entre diferentes grupos étnicos na Indonésia.
Atualmente, a Indonésia possui vários especialistas genéticos líderes do mundo, como o Prof. Dr. Herawati Sudoyo, que contribuiu muito para a pesquisa genética na Indonésia.